Le système immunitaire contre le virus : pourquoi Omicron a inquiété les experts dès le départ

Dès la première description d’Omicron, les chercheurs se sont inquiétés d’une variante du SARS-CoV-2. En examinant la liste des mutations qu’il porte, les scientifiques peuvent identifier un nombre susceptible de rendre le variant plus contagieux. D’autres mutations étaient plus inquiétantes, car elles interféraient probablement avec la capacité du système immunitaire à reconnaître le virus, lui permettant de présenter un risque pour ceux qui avaient été vaccinés ou avaient déjà eu une infection.

La raison sous-jacente de ces peurs enfouies était évidente : les scientifiques pouvaient simplement examiner la séquence d’acides aminés dans la protéine de pointe du coronavirus et voir dans quelle mesure le système immunitaire y répondrait.

Ces connaissances sont basées sur des années d’étude du fonctionnement du système immunitaire, ainsi que sur de nombreuses informations spécifiques concernant ses interactions avec le SRAS-CoV-2. Vous trouverez ci-dessous une description de ces interactions, ainsi que leurs implications pour l’évolution virale et les variantes actuelles et futures.

Ts et BS

Pour comprendre la fonction du système immunitaire, il est plus facile de diviser ses réponses en catégories. Tout d’abord, il y a la réponse immunitaire innée, qui tend à reconnaître les caractéristiques générales des agents pathogènes plutôt que les caractéristiques spécifiques des bactéries ou virus individuels. La réponse innée n’est pas régulée par la vaccination ou une exposition antérieure au virus, il n’est donc pas vraiment pertinent de discuter des variantes.

Ce qui nous intéresse, c’est la réponse immunitaire adaptative, qui reconnaît certains traits chez les agents pathogènes et génère une mémoire qui produit une réponse rapide et puissante si le même agent pathogène est revu. C’est la réponse immunitaire adaptative que nous induisons avec les vaccins.

La réponse adaptative peut également être divisée en catégories. En ce qui concerne les réponses immunitaires pertinentes, nous nous intéressons le plus à celles qui sont médiées par les cellules B productrices d’anticorps. L’autre partie importante de l’immunité adaptative, la cellule T, utilise un mécanisme entièrement différent pour identifier les agents pathogènes. Nous ne savons pas grand-chose de la réponse des lymphocytes T au SRAS-CoV-2, mais nous y reviendrons plus tard. Pour l’instant, nous allons nous concentrer sur les anticorps.

Les anticorps sont de grands agrégats (moléculairement parlant) de quatre protéines. La plupart des protéines sont similaires dans tous les anticorps, ce qui permet aux cellules immunitaires d’y réagir. Mais chacune des quatre protéines a une région variable qui diffère dans chaque cellule B productrice. Beaucoup de zones modifiées sont inutiles, d’autres reconnaissent les protéines du corps et sont éliminées. Mais par hasard, certains anticorps ont des régions variables qui reconnaissent une partie de la protéine fabriquée par l’agent pathogène.

La partie de la protéine pathogène que l’anticorps reconnaît s’appelle l’épitope. Les épitopes diffèrent d’une protéine à l’autre, mais ils partagent certaines caractéristiques. Il doit être à l’extérieur de la protéine, plutôt qu’enterré à l’intérieur, pour que l’anticorps la frappe en premier lieu. Ils contiennent souvent des acides aminés polaires ou ont une charge, car ils forment des interactions plus fortes avec l’anticorps.

Vous ne pouvez pas simplement regarder les acides aminés dans l’anticorps et décider à quoi il adhérera. Mais si vous avez des quantités suffisantes d’un anticorps particulier, il est possible de faire ce qu’on appelle une « cartographie des épitopes », qui consiste à déterminer où l’anticorps se fixe à la protéine. Dans certains cas, cela peut inclure une liste précise d’acides aminés que l’anticorps reconnaît.

En général, la présence d’anticorps liés à l’agent pathogène dans la circulation sanguine rend l’agent pathogène plus facile à détecter et à éliminer par des cellules immunitaires spécialisées – pour cette fonction, peu importe où se colle l’anticorps. Mais il existe aussi des interactions spécifiques qui peuvent inactiver le virus dans certains cas, comme nous le verrons ci-dessous.